Na území SO ORP Nová jsou největšími vodními toky Rokytka, Oleška, Javorka, Zlatnice, Lhotský potok, Úlibický potok a řeka Bystřice.
Oleška je levostranný přítok řeky Jizery. Délka toku je 34,2 km. Pramení na Jilemnicku u Rovnáčova, místní části obce Studenec a směřuje na jih přes Levínskou Olešnici, za Starou Pakou se stáčí na SZ a pokračuje venkovskou podhorskou krajinou přes obce Bělá, Libštát a Košťálov. V Semilech ústí jako levostranný přítok do Jizery.
Rokytka je levostranný přítok Olešky. Protéká městem Nová Paka.
Javorka je levostranný a celkově druhý největší přítok řeky Cidliny. Délka toku činí 39,05 km. Řeka pramení východně od Nové Paky u městečka Pecka v nadmořské výšce okolo 450 m. Protéká mj. Lázněmi Bělohradem, Šárovcovou Lhotou a Ostroměří. U Nového Bydžova v blízkosti obce Skřivany se vlévá do Cidliny.
Úlibický potok je levostranný přítok řeky Cidliny v okrese Jičín v Královéhradeckém kraji. Délka jeho toku činí 17,5 km. Pramení západně od Nové Paky u osady Brdo v nadmořské výšce okolo 465 m. Teče převážně jihozápadním směrem. Protéká mj. Úbislavicemi, Úlibicemi a Kacákovou Lhotou.
Bystřice je levostranný, celkově největší přítok řeky Cidliny v Královéhradeckém kraji. Délka toku činí 62,7 km. Řeka Bystřice pramení u Vidonic zhruba 10 kilometrů východně od Nové Paky v nadmořské výšce 481,4 m.
Další informace: Vodní toky, Vodní díla